Государственный заповедник Аксу-Джабаглы расположен в западной оконечности хребта Таласский Алатау в Западном Тянь-Шане. Заповедник занимает горный участок на высотах от 1300 до 4200 м над ур. моря. Северные и западные границы его проходят по склонам хребтов Джабаглытау, Таласский Алатау и Угамский на уровне 1300-1600 м, на юге и юго-востоке заповедник граничит с Киргизией и Узбекистаном по высокогорьям Таласского и Угамского хребтов.