Ақсу-Жабағылы мемлекеттік қорығы Батыс Тянь-Шаньдағы Талас Алатауы жотасының батыс жотасында орналасқан. Корық теңіз деңгейінен 1300-ден 4200-ге м дейінгі аралығықтағы тау биіктігі аумағын қамтиды. Оның шығыс пен батыс шекаралары 1300-1600 м деңгейінде Жабағылытау, Талас Алатауы мен Өгем жоталарының беткейі бойынша өтеді, ал оңтүстік және оңтүстік-шығысында қорық Талас пен Өгем биік таулары бойынша Қырғызстанмен және Өзбекстанмен шектеседі.